Фамилия Клопотние (в исходном описании — Клопотной, но для статьи берём заданную форму) — редкий пример того, как диалектное произношение закрепилось в официальном родовом имени. В её основе лежит не «клоп», как можно было бы подумать на первый взгляд, а слово «хлопотный». Так в старину называли человека суетливого, беспокойного или, наоборот, подчёркнуто заботливого и старательного — того, кто вечно в делах и хлопотах. Замена начального «х» на «к» — не ошибка, а следствие местного говора: в некоторых русских диалектах звук «х» перед гласными мог произноситься твёрже или переходить в «к» под влиянием соседних звуков. Такое явление встречается, например, в южнорусских и некоторых западнорусских говорах.

Суффикс -ие в форме Клопотние указывает на то, что перед нами, скорее всего, нестандартное окончание, возникшее при переносе фамилии в письменные документы (ср. фамилии на -их/-ых, которые иногда записывали как -ие). В исходном виде фамилия могла звучать как Клопотной — типичная модель для прозвищ, перешедших в фамилии без дополнительных суффиксов (например, Толстой, Грязной). То есть прозвище Клопотной дали человеку, а его дети и внуки уже стали Клопотными.

О точном месте возникновения фамилии судить трудно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и письменные источники по таким редким вариантам часто скудны. Однако сама модель — прозвище + нулевой суффикс (как у Клопотной) — характерна для XVI–XVII веков, когда фамилии активно складывались у крестьян и посадских людей. В отличие от дворянских родов, такие фамилии редко фиксировались в ранних переписях, поэтому сегодняшние носители фамилии Клопотние — живые свидетели того, как местное слово и говор стали семейным именем.