Фамилия Клопотун ведет происхождение от прозвища, основанного на украинском глаголе «клопотати» — заботиться, беспокоиться, хлопотать. В отличие от распространенного мнения, что прозвища часто указывают на недостатки, здесь подчеркнуты положительные черты человека: доброта, отзывчивость, готовность прийти на помощь и оказать моральную поддержку. Такое прозвище могли дать тому, кто постоянно хлопотал по хозяйству, помогал соседям или брал на себя чужие заботы.

Интересна словообразовательная модель фамилии. Суффикс -ун в восточнославянских фамилиях характерен для прозвищ, обозначающих деятеля по характерному действию: говорун, бегун, ворчун. Клопотун — человек, который клопочет, то есть постоянно находится в хлопотах. Эта модель типична для украинской и белорусской антропонимии, что указывает на вероятное происхождение фамилии с территории современной Украины или юго-западных областей России.

Редкость фамилии Клопотун делает её особенно ценной для генеалогического поиска. В дореволюционных метрических книгах она встречается преимущественно в Черниговской, Полтавской и Киевской губерниях. Носители фамилии чаще всего относились к крестьянскому или казачьему сословию, где трудолюбие и заботливость ценились особенно высоко.

В отличие от более распространённых однокоренных фамилий (Клопотов, Клопотенко), форма Клопотун сохранила прямую связь с действием, а не с отчеством или уменьшительным именем. Это позволяет с большей уверенностью говорить, что предок носителя фамилии действительно получил прозвище за свой характер, а не за род занятий или место жительства.