Фамилия Клюквин образована от прозвища или нецерковного имени Клюква. В основе лежит слово «клюква» — ягода, которую на Руси собирали после первых морозов. Точное происхождение определить сложно, но есть две основные версии.

Первая: прозвище Клюква могли дать человеку, который торговал клюквой или жил на болотистой местности, где она росла. Вторая версия связана с древней традицией давать детям «растительные» имена. Родители называли младенца Клюквой, веря, что природа примет его как своего и передаст ему полезные свойства этой ягоды. В народной медицине клюкву ценили за способность лечить простуду, цингу, лихорадку и кожные болезни.

Клюквины — фамилия на -ин, что типично для русского севера и центральных областей. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Клюквин, то есть сын или потомок Клюквы. Одно из первых упоминаний встречается в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского: подьячий Иван Клюквин, 1646 год, Москва. Эта запись показывает, что уже в середине XVII века фамилия бытовала среди служилых людей, а не только крестьян.

Редкость фамилии в том, что она почти не имеет однокоренных вариантов: нет, например, массовых Клюквенко или Клюковских. Встречается она преимущественно в центральной России и на Урале.