Фамилия Княгинена — женская форма редкой фамилии Княгинин, которая образована не от титула «княгиня», а от географического названия. Основа здесь — топоним Княгинино (существует несколько сел и деревень с таким именем, например, в Нижегородской области или в Белоруссии). Суффикс -ин указывает на принадлежность: в этом случае фамилия отвечает на вопрос «чей?» — сын или дочь человека из Княгинина. Получается, что первый носитель фамилии Княгинин был выходцем из населенного пункта с таким названием.

Словообразовательная модель проста: название села Княгинино (которое, в свою очередь, восходит к имени или прозвищу Княгиня) плюс суффикс -ин. В русской ономастике это типичный «топонимический» вариант фамилии, распространенный в центральных и поволжских губерниях. Обратите внимание: ударение, скорее всего, падает на второй слог — Княги́нина, что отличает ее от фамилии Кня́гинин, которая могла бы быть образована от прозвища «княгиня» (жена князя). Но в случае с Княгининым/Княгиненой мы имеем дело именно с указанием на место жительства предка.

Спорных версий здесь почти нет. Гипотеза о происхождении от прямого титула «княгиня» (мол, предок служил княгине или был ее крестьянином) менее правдоподобна: такие фамилии обычно образовывались через суффикс -ский (Княгининский) или от мужского имени Князь (Князев). Название же села Княгинино встречается в писцовых книгах XVI–XVII веков, что дает более твердую опору для генеалогии.

В дореволюционной России фамилия Княгинена могла принадлежать крестьянам или мещанам, записанным по месту выхода. Женская форма на -а — стандартная для русского быта: так в документах фиксировали жен и дочерей. Если вы ищете свои корни, стоит обратить внимание на переписные книги Нижегородской, Владимирской или Костромской губерний — именно там чаще всего встречаются села с названием Княгинино.