Фамилия Кобос — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на иноязычные корни или на позднее, часто искусственное, закрепление прозвища в качестве фамилии.

Наиболее вероятная версия связывает Кобос с испанским языком. В испанском и португальском слово «cobos» (или «cobo») имеет несколько значений: это может быть «грот», «пещера», а также фамилия, известная в Испании (например, историк Франсиско де лос Кобос). Если предок носителя фамилии был из Испании или стран Латинской Америки, то фамилия могла быть русифицирована без изменения окончания — так часто поступали с иностранными фамилиями в XIX–XX веках.

Вторая версия, менее правдоподобная, но возможная, — происхождение от прозвища Кобос, связанного с диалектным словом. В некоторых говорах русского Севера и Сибири «кобос» или «кобес» означало «беспорядок», «суета» или «путаник». Такое прозвище могли дать нерасторопному или суматошному человеку. Однако эта гипотеза слаба: в письменных источниках подобных прозвищ почти не зафиксировано, а суффикс -ос нехарактерен для русской прозвищной системы (обычно -о, -а, -уй).

С точки зрения географии, фамилия Кобос встречается в России крайне редко. Основные очаги — южные регионы (Краснодарский край, Ростовская область) и крупные города, где выше доля смешанного населения. В дореволюционных метрических книгах Кобосы почти не встречаются, что подтверждает позднее появление фамилии в русской среде.

Таким образом, с высокой вероятностью Кобос — это русифицированная испанская или португальская фамилия, попавшая в Россию через браки, миграцию или культурные связи. Владельцам этой фамилии стоит искать корни в южноевропейских архивах, а не в русских писцовых книгах.