Фамилия Кочарина образована от прозвища или мирского имени Кочар, а точнее — от его женского варианта Кочара. Основа здесь неочевидна на первый взгляд: корень «коч-» в русских говорах многозначен. Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «коча» — так в северных и сибирских областях называли короткую верхнюю одежду, род куртки или кафтана, а иногда и просто меховую безрукавку. Тогда Кочар — человек, носивший такую одежду, либо шивший и продававший её. Менее распространённая гипотеза выводит прозвище из тюркских языков, где «кочар» означает «кочевник» или «бродяга», но для русской фамильной модели это скорее исключение, чем правило.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Кочарин — сын Кочары, то есть потомок человека с таким прозвищем. Форма Кочарина — женская или родительная падежная форма, закрепившаяся как фамилия в документах. Интересно, что фамилия встречается в основном на Русском Севере и в Поволжье, что косвенно подтверждает первую версию: именно в этих регионах слово «коча» было в ходу. В Архангельской, Вологодской и Костромской областях фамилия фиксируется с XVIII века, в переписных книгах и ревизских сказках.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кочанов, Кочев, Кочерин — показывает, что Кочарина стоит особняком: у неё нет распространённого финального «-ов», а суффикс «-ин» характерен для прозвищ на -а. Это значит, что предок носителя фамилии был известен в своей общине именно как Кочара, а не по отцу или профессии. Социальный контекст: такие фамилии чаще всего возникали в крестьянской и посадской среде, где прозвища давались по бытовым приметам, одежде или поведению.

Точных сведений о древности фамилии или известных исторических носителях нет, но по косвенным данным — упоминаниям в метрических книгах XIX века — Кочарины были преимущественно государственными крестьянами и мещанами. В советское время фамилия не получила широкой известности, но сохранилась в тех же северных регионах, а также в Москве и Подмосковье за счёт миграций.