Фамилия Кочерыжкины образована от прозвища Кочерыжка. В прямом смысле кочерыжка — это жесткий стебель капустного кочана. Прозвище могли дать любителю грызть сырые кочерыжки. Но у слова есть и переносные значения. В народной речи «кочерыжкой» называли голову — отсюда прозвище мог получить человек с крупной или необычной головой.

Был и глагол «кочерыжиться» — упрямиться, ломаться, капризничать. Если прозвище дали по характеру, то Кочерыжкой называли человека своенравного, который любил настаивать на своем. Какая из версий верна для конкретной ветви рода, сказать трудно: прозвища часто соединяли в себе и внешность, и поведение, и бытовые привычки.

Фамилия оформлена по типичной русской модели: прозвище Кочерыжка плюс притяжательный суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — Кочерыжкин, то есть сын или потомок Кочерыжки). Форма множественного числа — Кочерыжкины — характерна для фамилий, которые закрепились за целым родом или семьей, особенно в северных и центральных губерниях России.

Однокоренные фамилии встречаются среди русских, украинцев и белорусов: Кочерыга, Кочерыжко, Кочерыженко. Это говорит о том, что прозвище было распространено в разных диалектах и не привязано к одной местности. Окончательно установить время и место возникновения фамилии Кочерыжкины можно только по конкретным архивным записям — переписям, метрическим книгам, ревизским сказкам.