Фамилия Кочканьян — яркий пример армянской модели фамилии, указывающей на происхождение от предка по мужской линии. Её основа — личное имя Кочкан или, что вероятнее, прозвище Кочка. Суффикс -ян (в старой орфографии -янц) — самый распространённый в армянских фамилиях, он означает «из рода такого-то» или «принадлежащий». Таким образом, Кочканьян — это «потомок Кочкана» или «из семьи Кочкана».

Само слово «кочка» в русском языке означает бугорок на болоте, но для армянской ономастики это, скорее всего, случайное созвучие. В армянском языке слово «коч» или «кочка» может быть связано с глаголом «кочел» (арм. «կոչել» — звать, призывать) или с диалектным «коч» (арм. «կոչ» — зов, клич). Тогда Кочкан — это человек, который громко зовёт, кричит, возможно, глашатай или просто обладатель зычного голоса. Вторая версия: имя Кочкан могло быть образовано от тюркского «коч» (кочевье, переезд) — такое влияние встречается в армянских фамилиях из регионов, где армяне долго жили в соседстве с тюркскими народами.

Фамилия Кочканьян не относится к числу самых распространённых, но встречается у армян, переехавших в Россию, а также в диаспорах. Географически её корни, скорее всего, лежат в Западной Армении (исторические области Васпуракан, Сасун) или в районах, где армянское население испытало сильное тюркоязычное влияние (Карабах, Нахичевань). Из-за массового исхода армян в конце XIX — начале XX века точную привязку к одному селу установить трудно.

В русском языке фамилия склоняется по правилам существительных мужского рода: Кочканьян, Кочканьяна, Кочканьяну и так далее. Женский вариант не склоняется, если женщина — носительница фамилии. Вариант написания с двумя «н» (Кочканнян) встречается реже и, вероятно, возник из-за ошибочного удвоения в паспортах, хотя этимологически двойная «н» не нужна — суффикс -ян присоединяется прямо к основе Кочкан.