Фамилия Кочкинеков — редкий и яркий пример, как диалектное слово, местное прозвище и нестандартный суффикс складываются в одну фамилию. Её основа — «Кочкин» или «Кочкина», а вот финальное «-еков» указывает на нерусский, скорее всего, тюркский способ оформления фамилии.

Разбираем по частям. В центре — прозвище Кочка. В русских говорах «кочка» — это не только бугорок на болоте, но и прозвище человека: плотного, коренастого, сбитого, словно «комок». В словаре В. Даля «кочка» — ещё и «кочевать, кочевник», но для фамилии это вряд ли основа: слишком далеко от бытового прозвища. Вероятнее, что предка прозвали Кочкой за внешность или манеру сидеть на месте, не суетясь.

Далее — суффикс «-ин». В русской модели от прозвища Кочка образовалась бы фамилия Кочкин («чей? — сын Кочки»). Но в нашем случае основа удлиняется до «Кочкин», и к ней добавляется «-еков». Вот тут ключевой момент. Формант «-еков» (или «-ек») характерен для фамилий тюркского происхождения, особенно у народов Поволжья: татар, башкир, чувашей. Он означает принадлежность, происхождение. Таким образом, Кочкинеков — это «из рода Кочкиных», то есть человек, чей род восходит к русскому (или обрусевшему) человеку по прозвищу Кочка.

Географически фамилия тяготеет к зоне русско-тюркского пограничья: вероятнее всего, предки жили в бывшей Казанской, Оренбургской или Уфимской губерниях, где смешение культур давало такие гибридные формы. В чисто русских областях фамилия почти не встречается — там победил бы вариант Кочкин.

Социальный контекст прост: носитель фамилии — потомок крестьянина или служилого человека, получившего прозвище Кочка, чьи дети или внуки, попав в иноязычную среду (например, при переходе в башкирское или татарское сословие), оформили фамилию по местной модели. То есть Кочкинеков — не «исконно русская» и не «исконно тюркская», а именно контактная, пограничная фамилия, каких в России множество.

В написании возможны варианты: Кочкинеков, Кочкиняков (через «я» — под влиянием аканья). Но исходная форма с «е» — более архаичная и точная. Встречается она крайне редко, что делает её ценной для генеалогии: каждая такая фамилия — почти карта миграции семьи.