Фамилия Кочконова, скорее всего, восходит к тюркскому прозвищу Качкан. В основе лежит слово «качкан» или «качкын» — «беглец, беженец». Так могли назвать человека, покинувшего родные места из-за военных действий, например, беженца из села, занятого турками. Со временем звучание могло измениться: «Качканов» превратилось в «Кочконов» — это распространённый фонетический переход в русских фамилиях тюркского происхождения.

Есть и другая версия: фамилия образована от имени Кочкан, которое тоже пришло из тюркских языков и, предположительно, переводится как «бараний». В этом случае прозвище могло указывать на черты характера или внешность родоначальника — мягкость, упрямство или что-то иное, что ассоциировалось с бараном.

Суффикс -ов типичен для русских фамилий, он указывает на принадлежность: Кочконов — сын или потомок Кочкана (или Качкана). Женская форма Кочконова образована по той же модели.

Архивные записи подтверждают, что фамилия бытовала в Средней Азии. В Книге памяти Республики Киргизия значатся Кочконов Абдулла (1870 года рождения, Кара-Суйский район) и Кочконов Кимсан (1913 года рождения, Ошский район). Это говорит о том, что носители фамилии жили на территории современного Кыргызстана, где тюркские языки и традиции именования были широко распространены. Таким образом, фамилия Кочконова хранит память о тюркских корнях предков, их прозвищах или именах, а также о возможных исторических событиях, заставлявших людей сниматься с насиженных мест.