Фамилия Кодратенко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко, самой распространённой на Левобережной и Степной Украине. Суффикс -енко, изначально уменьшительный, в фамилиях выполнял функцию отчества: Кодратенко означает «сын Кодрата». В XVI–XVII веках такие фамилии закрепились за казаками, крестьянами и мещанами, а позже распространились по всей Российской империи.

В основе лежит каноническое имя Кондрат (церковнославянская форма Кодрат). Это имя восходит к латинскому Quadratus — «четвёртый», «квадратный». Так называли четвёртого ребёнка в семье или родившегося на четвёртый день после важного события. В народном произношении имя часто искажалось: наряду с Кодрат бытовали формы Кондрат, Кондратий. Фамилия Кодратенко сохранила более архаичный вариант с корнем Кодрат-, что встречается реже, чем Кондратенко.

Географически фамилия тяготеет к Полтавщине, Черниговщине и Слобожанщине — регионам, где суффикс -енко был основным способом образования фамилий. В Российской империи после ревизий и переписей XVIII–XIX веков написание закрепилось с буквой «о» в первом слоге, хотя в диалектах могло звучать как Кадратенко.

Редкая особенность фамилии — отсутствие перехода в русскую форму на -ов/-ев. Многие украинские фамилии на -енко при переселении в центральные губернии адаптировались: Кондратенков, Кодратов. Кодратенко осталась без изменений, что указывает на позднюю миграцию носителей или сохранение украинской идентичности в среде. Однофамильцы с такой же фамилией — почти наверняка потомки одного рода, разошедшегося по разным уездам.