Фамилия Когинов — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает со звучанием, но происхождение неочевидно. В ней нет распространённого суффикса -ин, который указывал бы на принадлежность к матери («чей сын?» — Когин), а есть -ов, типичный для фамилий от отчества или прозвища на твёрдый согласный. Это сразу подсказывает, что в основе лежало слово, оканчивавшееся на -о или на согласный, а не на -а.

Самая вероятная версия — отчество от неканонического имени или прозвища Коган. В русской среде так могли называть человека, напоминавшего чем-то когтистого зверя или птицу: цепкого, драчливого, хваткого. Диалектное слово «коган» в ряде говоров означало «коготь» или «коготь хищной птицы», а в переносном смысле — скупого, цепкого человека. Форма Когинов возникла через стяжение: Коган → Коганов → Когинов (с редукцией безударного «а» в «о» на письме). Такая замена гласного в фамилиях не редкость: например, Баранов и Борисов имеют разную основу, но в устной речи могли смешиваться.

Вторая версия, менее вероятная, — связь с тюркским именем Коган (вариант Каган). В древности так называли верховного правителя у тюркских народов, и теоретически прозвище могло закрепиться за русским человеком, имевшим дело с Ордой или служившим в пограничье. Однако для центральных русских областей такой корень нетипичен, и фамилия Когинов не фиксируется в старых документах как родовая у татарских мурз или князей. Поэтому тюркская версия остаётся гипотезой без серьёзных подтверждений.

Географически фамилия встречается редко. Основные очаги — Центральная Россия и Поволжье, где активно работали переписчики, фиксировавшие прозвища по внешним признакам и характеру. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия не упоминается, что говорит о её локальном бытовании и невысокой частотности. Вероятнее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или посадскими людьми, получившими прозвище от односельчан за неуступчивый, «когтистый» нрав.