Фамилия Когинова — женская форма фамилии Когинов, и её разбор стоит начать с неочевидного: с суффикса. В русских фамилиях суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («чей?» — сын Когина), а суффикс -ин — на происхождение от основы на -а/-я. Но здесь мы видим -ов, хотя основа заканчивается на -а. Это редкий случай, когда фамилия образована от прозвища или имени с конечным -а, но по модели «отцовства» через -ов. Такое встречается в южнорусских и украинских говорах, где ударение смещается, и фамилия звучит как Коги́нов, а не Когино́в.

Сама основа — «Когин» — восходит к прозвищу Кога. В русских диалектах слово «кога» имело несколько значений. В рязанских и тамбовских говорах так называли неуклюжего, неповоротливого человека, увальня. В псковских и тверских — наоборот, бойкого, вертлявого, юркого (от «коготь» в переносном смысле — цепкий, хваткий). Таким образом, прозвище могло характеризовать и медлительного, и слишком подвижного человека — в зависимости от местности.

Вторая, менее вероятная версия — связь с тюркскими языками. В татарском и башкирском «кога» означает «лебедь». Это могло быть тюркским личным именем или прозвищем, которое давали за стать или белизну кожи. Но против этой версии говорит русский суффикс -ов: если бы фамилия была тюркского происхождения, она чаще сохраняла бы окончание -ев (как Когаев) или вовсе не русифицировалась. Поэтому диалектное русское прозвище выглядит убедительнее.

Географически фамилия Когинов (и Когинова) встречается в основном в Центральной России — в Тамбовской, Рязанской, Липецкой областях. Это подтверждает связь с южнорусскими говорами, где слово «кога» было в ходу. Встречаемость фамилии невысокая, она не входит в списки распространённых, что делает её носителей обладателями редкой родовой метки.

Интересная деталь: в дореволюционных метрических книгах фамилию иногда записывали как Кагинов — через «а» в первом слоге. Это следствие аканья, характерного для тех же южнорусских областей. Так что предки современных Когиновых могли быть записаны по-разному в зависимости от грамотности писаря.