Фамилия Кокалич — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Большинство похожих по звучанию южнославянских фамилий (Коканович, Кокаревич) образованы от личного имени Кокан, Кокань, которое в старину было вариантом христианского имени Константин. Но Кокалич стоит особняком: суффикс «-ич» здесь указывает на отчество, а основа явно нецерковная.

Если отбросить суффикс, остаётся корень «кокал-». В сербском, хорватском и словенском языках слово kòkalj (или kokalj) означает «косточка» (чаще всего плодовая — вишнёвая, сливовая). Прозвище Кокаль или Кокалич могли дать человеку с заметной костлявой фигурой, худощавому, либо тому, кто занимался переработкой костей или изготовлением костяных изделий. В среде скотоводов и ремесленников такое прозвище было бы уместным.

Другая версия, менее распространённая, связывает фамилию с диалектным глаголом kokati — «стучать, бить». В этом случае Кокалич — потомок человека, которого прозвали за шумный нрав или за профессию (например, кузнеца или камнетёса). Однако связь с «косточкой» выглядит надёжнее: в сербохорватской ономастике фамилии на -alj и -ič от названий частей тела или предметов встречаются часто.

Регионально фамилия тяготеет к западной части Балкан — Хорватии, Боснии и Герцеговине, Черногории. В России и Украине она почти не встречается, что указывает на относительно позднее появление в русскоязычной среде, скорее всего, в результате миграции в XIX–XX веках. Написание «Кокалич» (с ударением на второй слог) — это адаптированная кириллическая передача исходной южнославянской формы.

Таким образом, предки человека с фамилией Кокалич, вероятно, жили на Адриатическом побережье или в динарском регионе, а само прозвище отражало либо внешность (худой, костистый), либо ремесло, связанное с костью.