Фамилия Кокалина — женская форма, а мужская — Кокалин. В русской традиции фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, и указывают на принадлежность: «чей?» — «Кокалин», то есть сын или потомок Кокалы. Вся сложность и интерес этой фамилии — в её основе.

Корень «кок-» в русских говорах многозначен. Самое вероятное объяснение: прозвище Кокала или Кокаль. В диалектах (особенно северных и сибирских) «кока» — это крестная мать, но также и «кум», а в некоторых местах — просто «приятель, дружок». Прозвище могли дать человеку, который часто выступал в роли кума на свадьбах, или тому, кто был особенно близким другом семьи. Менее распространённое, но тоже реальное значение — «коклюшка» для плетения кружев, отсюда могло пойти прозвище кружевника или человека, занимавшегося плетением.

Встречается и версия, связывающая фамилию с тюркским словом «кокал» — «старший брат» или «уважаемый мужчина». Это возможно в районах, где русские долго соседствовали с тюркскими народами (Поволжье, Урал, Сибирь). Прозвище Кокала могло означать старшего в роду или просто уважаемого человека.

Словообразовательный суффикс -ин указывает на то, что фамилия формировалась в среде, где было принято называть людей по отцу или по прозвищу главы семьи. Это типично для крестьянской и мещанской среды центральной и северной России.

Фамилия редкая, географически привязана к нескольким регионам. Чаще всего встречается в Вологодской и Архангельской областях, что подтверждает севернорусские диалектные корни. Единичные случаи есть на Урале и в Западной Сибири — следствие переселенческих потоков XIX века.

Если отбросить маловероятные экзотические версии (например, от слова «кокаин» — оно вошло в язык слишком поздно, в конце XIX века, и не могло лечь в основу фамилии), то наиболее правдоподобным остаётся прозвище по родству или свойству: Кокала — кум или крёстный. Предки современных Кокалиных, скорее всего, были уважаемыми людьми в своей деревенской общине, к которым обращались за поддержкой или которые становились восприемниками при крещении.