Фамилия Кокорюшкина — женская форма, мужской вариант — Кокорюшкин. В основе фамилии лежит прозвище, а не крестильное имя. Корень «кокор» в русских говорах имеет несколько значений, и выбор самого вероятного зависит от географии бытования фамилии.

Слово «кокора» в северных и сибирских говорах означает дерево, вывороченное с корнем, или часть такого дерева, используемую в строительстве (например, для изготовления «кокоры» — детали лодки или кровли). Отсюда прозвище Кокоря могли дать человеку коренастому, кривому, с неуклюжей фигурой, либо плотнику, который работал с такими заготовками. Второе значение — «скупой, скряга» (от глагола «кокориться» — упрямиться, жадничать). Третье, более редкое — «кокорыш» (растение, петрушка собачья), но оно маловероятно как основа фамилии.

Суффикс -юшк- в фамилии Кокорюшкина указывает на уменьшительно-ласкательную форму прозвища. Сначала было прозвище Кокорюшка — «маленький Кокоря» или «Кокоря-ребёнок» (с оттенком нежности или иронии). Затем от него образовалась фамилия с помощью стандартного патронимического суффикса -ин: Кокорюшкин — «чей?» — сын Кокорюшки. Такая модель — от прозвища с уменьшительным суффиксом — типична для русских фамилий, особенно в среде крестьян и посадских людей, где детей часто называли не по отцу, а по бытовому прозвищу.

Фамилия не относится к числу дворянских или старых княжеских. Она, скорее всего, бытовала в северных и центральных губерниях России (Архангельская, Вологодская, Костромская, Вятская), где слово «кокора» было в ходу. Встречаются однокоренные фамилии: Кокорин, Кокорев, Кокоркин. От Кокорюшкиных их отличает именно уменьшительная форма: если Кокорин — прямой потомок Кокори, то Кокорюшкин — потомок Кокорюшки, что может говорить о более позднем или более «домашнем» происхождении прозвища.

Точных сведений о сословной принадлежности носителей фамилии до XIX века нет, но по модели образования предки Кокорюшкиных были, скорее всего, крестьянами или ремесленниками, возможно, связанными с лесным делом или строительством. Никаких «знаменитых» Кокорюшкиных в истории не зафиксировано — это типичная «народная» фамилия, живущая сегодня в основном в центральной России.