Фамилия Кокозин — редкий случай, когда основа почти наверняка тюркская, а оформление — типично русское, с суффиксом -ин. По модели образования она принадлежит к группе «малых» фамилий: суффикс -ин крепится к основе, оканчивающейся на -а или -я. Здесь основа — Кокоза.

Самое правдоподобное объяснение: Кокоза — это прозвище или неканоническое имя тюркского происхождения. В тюркских языках «кок» (или «гёк», «кёк») означает «небо», «голубой», «синий», а также «зелёный». Вторая часть — «-оза» — может быть искажённым «-уза» или «-аза» с местными диалектными особенностями. Встречается тюркское имя Кокоз, которое можно перевести как «синеглазый» или «голубоглазый» (кок — синий, коз — глаз). Прозвище по цвету глаз — распространённая практика у многих народов, и в русской среде такое прозвище легко приживалось, особенно если его носитель был выходцем из татарской, башкирской или чувашской среды.

Версия с русским корнем выглядит слабее. Слово «кокоза» в русских говорах не зафиксировано, хотя есть диалектное «кокора» (коряга, суковатое дерево) и «кокот» (крик петуха, кочет). Превращение «кокоры» в «Кокозу» маловероятно: суффикс -оз- нехарактерен для русских прозвищных основ, а в фамилиях на -ин почти всегда основа оканчивается на -а.

Географически фамилия Кокозин тяготеет к регионам с сильным тюркским субстратом — Поволжье, Урал, юг Сибири. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, предок Кокозин — крестьянин или служилый человек из бывших «инородцев», получивший фамилию по деду или отцу с прозвищем Кокоза. Сословная принадлежность могла быть разной — от государственных крестьян до однодворцев, но в дворянские роды эта фамилия, судя по скудным данным, не входила.

Таким образом, Кокозин — это «сын Кокозы», где Кокоза — человек с приметной внешностью (скорее всего, голубоглазый), а корни фамилии — в тюркском именослове, адаптированном русской фамильной моделью.