Фамилия Кокшаров образована от прозвища Кокшар. Скорее всего, в его основе лежит географическое название: основатель рода мог жить на берегу реки Кокшеньга или в городе Кокшарове — так до 1457 года назывался город Котельнич в Кировской области. Оба топонима восходят к слову «кокша» из языка коми, что означает «коряга». Такая связь с местностью типична для фамилий, возникших в северных и вятских землях.

По другой версии, в северных говорах кокшарами называли крестьян-земледельцев. Здесь слово могло описывать род занятий или образ жизни, а не место жительства. Есть и третья гипотеза: прозвище Кокшар мог получить представитель северного народа кокшары, хотя сведений о такой этнической группе в исторических источниках мало, и эта версия менее правдоподобна.

Фамилию фиксируют уже в конце XV века. С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает Кокшара, крестьянина из Новгорода (конец XV века), а также Ивана Кокшара Чуракова, крестьянина с Белоозера (1526 год). Эти записи подтверждают, что прозвище бытовало именно в северных и центральных русских землях. Потомки человека по прозвищу Кокшар со временем получили фамилию Кокшаров, что характерно для русской модели образования фамилий с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность к роду.