Фамилия Кокшайкин — нечастая и интересная с точки зрения своего происхождения. В её основе лежит географическое название, а не личное имя или прозвище, что сразу выделяет её среди множества русских фамилий.

Корень здесь — «Кокшай-». Это часть названий двух рек в Марий Эл и Кировской области: Большая Кокшага и Малая Кокшага (на последней стоит Йошкар-Ола). В древности эти места называли просто «Кокшага» или «Кокшай». Местных жителей, особенно из марийских (черемисских) поселений, русские могли называть «кокшай» или «кокшага» — по реке. Суффикс «-кин» указывает на принадлежность: буквально «сын Кокшая» или «человек из рода Кокшаевых». Таким образом, Кокшайкин — это типичный «речной» вариант фамилии, как, скажем, Волгин или Иртышов.

По модели образования фамилия относится к группе на «-ин», что характерно для основ, оканчивающихся на «а» или «й». Интересно, что в русской ономастике фамилии на «-айкин» (Кокшайкин, Шурайкин, Кушайкин) встречаются реже, чем на «-ов» или «-ев», и часто имеют именно финно-угорское или тюркское происхождение. Вероятнее всего, предок носителя этой фамилии жил в бассейне Кокшаги, был выходцем оттуда или получил прозвище по месту жительства — «кокшайский», то есть пришедший с Кокшаги.

Вторая, менее правдоподобная версия, связывает фамилию с диалектным словом «кокша» — так в некоторых говорах называли деревянную чашку или ковш. Но тогда фамилия скорее звучала бы как Кокшин или Кокшаров. Форма «Кокшайкин» уверенно привязана к гидрониму, и именно эта версия считается основной у специалистов.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Предуралью: чаще всего её можно встретить в Марий Эл, Татарстане, Нижегородской и Кировской областях. Она не была дворянской или купеческой — скорее всего, предки Кокшайкиных были крестьянами или мещанами, жившими вблизи марийских земель.