Фамилия Кокшейкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с внешностью или звукоподражанием. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Кокшейки. Сама основа «Кокшейк» или «Кокшейка» не встречается в документах как самостоятельное имя, поэтому главную загадку таит корень.

Скорее всего, в основе лежит диалектное слово «кокша». В северных и сибирских говорах так называли человека с коклюшкой, хромого или прихрамывающего (от «кокшить» — хромать, ковылять). В этом случае Кокшейкин — потомок того, кого в деревне прозвали Хромым или Колченогим. Прозвище было не обидным, а описательным, как и многие древние фамилии.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с глаголом «кокшить» в значении «бить, колотить» или «кокошить» — убивать (например, вшей). Тогда прозвище мог получить драчун или человек с нечистоплотными привычками. Но первая версия — про хромоту — встречается в ономастике чаще: фамилии Кокшин, Кокшаров, Кокшаров происходят от того же корня и фиксируются в переписных книгах XVII века.

Географически фамилия Кокшейкин тяготеет к северным регионам России и Сибири, куда переселялись поморы и крестьяне из Архангельской и Вологодской губерний. Встречается она редко — в основном в единичных записях метрических книг XIX века. Сословно носители были, скорее всего, государственными крестьянами или мещанами, а не дворянами: фамилия образована от простонародного прозвища, а не от географического названия или имени святого.

Таким образом, Кокшейкин — фамилия-характеристика. Она не говорит о знатном происхождении, но хранит живую речь предка, который получил своё прозвище за особенность походки. В современных справочниках её часто путают с Кокшакиным или Кокшаровым, но написание через «ей» — верный признак именно этого редкого варианта.