Фамилия Кокунин — это типичная русская «отпрозвищная» фамилия, образованная с помощью патронимического суффикса -ин. Она буквально означает «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Кокуня. В основе лежит древнерусское некалендарное имя или прозвище Кокуня, корни которого ведут к слову «кока».

Разбирать этимологию этой фамилии интересно из-за многозначности исходного слова. Слово «кока» в русских говорах имело целый веер значений. Самое распространённое и, вероятно, древнее — «крёстный отец» или «крёстная мать». Если прозвище Кокуня дали человеку, который был восприемником при крещении, оно могло закрепиться за ним как уважительное именование. Но есть и другие, более «бытовые» варианты: «кокой» называли пирог с кашей и яйцами (прозвище мог получить любитель такой еды или пекарь), а также резное украшение на коньке избы. Последнее значение прямо указывает на плотницкое дело — Кокуней могли прозвать искусного резчика по дереву.

Не менее любопытна версия, связывающая прозвище с глаголом «кокать» (бить, колотить, стучать). В этом случае Кокуня — человек, который «кокает», то есть либо работает с молотком (кузнец, плотник), либо, в переносном смысле, тот, кто «бьёт» языком — говорун, сплетник. Учитывая, что слово «кока» также означало «шутка, сплетни», версия о болтливом человеке выглядит вполне состоятельной.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность к роду. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от основ на твёрдый согласный, -ин присоединялся к основам на -а/-я. Кокуня → Кокунин — типичная модель для северорусских и центральных регионов, где были широко распространены прозвища и нецерковные имена на -ня (например, Рыкуня, Говоруня). И хотя сегодня фамилия встречается нечасто, её носители могут с равной вероятностью происходить от плотника, кузнеца, краснослова или человека, известного своим родством с крёстным отцом.