Фамилия Кокунова — женская форма фамилии Кокунов, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем Кокун. В основе лежит диалектное слово «кок» (петух), что указывает на возможную украинскую или южнорусскую основу. Кокуном могли прозвать задиристого человека, забияку или драчуна — по аналогии с бойцовским характером петуха.

Но это лишь одна из версий. Слово «кока» в русских говорах многозначно: так называли и крестного отца, и пирог с кашей, и резное украшение на коньке избы, и клюку, и сплетни. Поэтому прозвище Кокун могло закрепиться за плотником (который вырезал «коки» на домах), за стариком, опирающимся на клюку, или за болтуном-сплетником. Ещё одна линия — глагол «кокать» (бить, колотить), что возвращает нас к значению «драчун».

Фамилия образована по простой и распространённой модели: к основе Кокун добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов. В итоге Кокунов — буквально «сын Кокуна». В женском роде фамилия склоняется как Кокунова.

Хотя точная география фамилии не описана в крупных ономастических справочниках, судя по диалектной основе, корни рода стоит искать в южных и центральных областях России, а также на Украине. За столетия фамилия утратила прямую связь с исходным прозвищем, но сохранила память о характере, занятии или внешности своего первого носителя.