Фамилия Кокунин — один из тех случаев, когда за простым звучанием скрывается целый веер возможных значений. В её основе лежит прозвище Кокуня, а оно, в свою очередь, восходит к слову «кока». В старом русском языке у этого слова была неожиданная многозначность: так называли и крестного отца, и пирог с кашей, и резное украшение на коньке крыши, и клюку, и даже сплетни. Поэтому прозвище Кокуня могло закрепиться за разными людьми — за плотником, который украшал избы, за человеком, ходящим с костылём, или за тем, кто любил поболтать и посудачить.

Есть и вторая версия, более прямая. Глагол «кокать» означал «бить, колотить». В таком случае Кокуней могли прозвать драчуна или человека с твёрдым, «ударным» характером. Какая из версий верна для ваших предков — без документов не скажешь, но обе показывают, что фамилия родилась из живого бытового прозвища, а не из церковного имени.

С точки зрения словообразования всё прозрачно: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «Кокунин» означало «сын Кокуни» или «человек из рода Кокуни». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены. Фамилия Кокунин — это не застывший штамп, а живой след того, как в крестьянской или ремесленной среде человека называли по его делу, привычке или внешности.