Фамилия Колганникова — женская форма распространённой русской фамилии Колганников. Её основа — прозвище или профессиональное имя Колганник. В русских говорах слово «колган» имело несколько значений, и чтобы понять, кем был первый носитель фамилии, нужно разобраться в географии слова.

Самая вероятная версия отсылает к ремеслу. В курских и орловских говорах «колганом» называли большой деревянный молот, колотушку или чекмарь — инструмент, которым дробили комья земли, забивали сваи или мяли кожу. Соответственно, Колганником называли мастера, работавшего таким молотом: кожевника, плотника или земледельца. Суффикс -ник в основе указывает на лицо по роду занятий, что типично для русских прозвищ (сравните: бондарь — бондарник, гончар — гончарник). Модель образования фамилии проста: к основе Колганник прибавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Колганника», а затем — стандартное женское окончание -а.

Есть и менее очевидная, но лингвистически правдоподобная версия. В некоторых вологодских и архангельских говорах «колган» — это не инструмент, а человек: неуклюжий, неповоротливый, нерасторопный. В этом случае прозвище Колганник могло закрепиться за медлительным или тяжеловатым в движениях человеком. Суффикс -ник здесь уже не профессиональный, а характеризующий (по аналогии с «лентяй» — «лентяйник»). Какая версия вернее — сказать трудно, но первая, ремесленная, подкрепляется тем, что фамилия Колганников (и её варианты) чаще встречается в Черноземье и на юге России, где слово «колган» в значении «молот» было хорошо известно.

Обратите внимание на суффикс. Фамилия оканчивается на -ов, а не на -ин, хотя основа кончается на согласный (Колганник). Это указывает на то, что прозвище отца воспринималось как полное имя, а не как краткое притяжательное прилагательное от женского имени. Если бы основа происходила от матронима (имени матери), мы бы увидели суффикс -ин: Колганникин. Но исторически закрепилась форма Колганников — по мужской линии.

В написании фамилии иногда встречается путаница: двойное «н» в суффиксе — не ошибка. Одна «н» принадлежит основе (Колган-), вторая — суффиксу -ник. Поэтому вариант «Колгаников» — результат упрощения, но нормативная фамилия пишется с двумя «н».