Фамилия Колониченков — одна из тех, где на слух угадывается основа, но не всё так просто. Главная загадка в корне «колонич-»: он не связан напрямую с колонией или колонизацией, как может показаться. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Колониченко, переделанный на русский лад с помощью патронимического суффикса -ов. В украинской и южнорусской среде суффикс -енко образует фамилии со значением «сын» или «потомок»: Колониченко — сын Колоника. А вот само имя или прозвище Колоник — редкое. Оно могло возникнуть от канонического имени Каллиник (греч. «прекрасная победа»), которое в народном произношении упростилось до Колоник. Такая трансформация типична для юга России и Украины: звук «а» после «к» часто переходил в «о» (как в фамилиях Каллиников/Колониченков).

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — связь с диалектным словом «колоник» или «колонич». В некоторых говорах так могли называть человека, который колет дрова, или того, кто живёт в колке — отдельном участке леса. Однако эта гипотеза слабая: слово не зафиксировано в словарях как распространённое прозвище.

Суффикс -ов в конце фамилии указывает на принадлежность: Колониченков — буквально «сын Колониченка», то есть внук Колоника. Такая модель — наложение русского суффикса на украинскую основу — нередка для фамилий, которые возникли в среде переселенцев или в пограничных регионах, где смешивались традиции. Географически фамилия тяготеет к Курской, Белгородской и Воронежской областям, а также к востоку Украины — именно там чаще встречаются такие гибридные формы.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — людьми, которые несли сторожевую службу на южных рубежах государства. Фамилия не дворянская и не купеческая, о чём говорит её «простая» словообразовательная модель без приставок и суффиксов -ский. В документах XIX века Колониченковы встречаются в ревизских сказках Курской губернии, где записаны как государственные крестьяне. Таким образом, фамилия хранит память о народном переосмыслении церковного имени и о миграционных процессах, смешавших северные и южные традиции имяобразования.