Фамилия Колоникина — женская форма, а её мужской вариант — Колоникин. Чтобы понять происхождение, нужно разобрать основу. В ней явно слышится слово «колоник» или «колоника», но ни в современном, ни в древнерусском языке такого слова нет. Это не ремесло и не должность, а скорее всего, прозвище или диалектное имя.

Наиболее вероятная версия: основа «Колон» или «Колоня» — это производная форма от крестильного имени Никон. В народе это имя часто сокращали: Никоня, Колоня (с заменой начального «н» на «к» по аналогии с другими уменьшительными формами, например, Коля от Николай). Тогда Колоникин — это не «сын Колоника», а «сын Колони», то есть потомок человека, которого в быту звали Колоней. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Колонин, а со временем, под влиянием разговорной речи, мог появиться вставной «к» — Колоникин. В русских говорах такое «наращение» встречается, хотя и не часто.

Вторая, менее правдоподобная версия связывает фамилию с редким словом «колоник» — так в некоторых областях могли называть пришлого человека, колониста. Но эта гипотеза слабая: слово «колонист» пришло в русский язык поздно, в XVIII веке, когда фамилии у крестьян уже в основном сложились. Да и суффикс -ин для прозвища по социальному статусу нехарактерен — скорее бы получился Колонистов.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных регионах России, но не имеет ярко выраженного очага. Это говорит о том, что она возникла не в одном селе, а в разных местах независимо. Носители фамилии, скорее всего, были выходцами из крестьянской или мещанской среды: фамилии на -ин типичны для непривилегированных сословий, особенно на севере и в центральной полосе.

Если верна версия с именем Никон, то предок носителя фамилии был просто крещёным человеком по имени Никон, которого в обиходе звали Колоней. Никакой тайны или особого ремесла за фамилией не стоит — только живая народная переделка церковного имени.