Фамилия Колоникин — редкий случай, когда в основе лежит не каноническое имя и не профессия, а почти забытое слово. Чтобы понять её происхождение, достаточно разобрать суффикс и корень.

Суффикс -ин указывает на притяжательную модель: «чей?» — Колоникин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Колоника. В русских фамилиях -ин обычно присоединяется к основам на -а, -я, что здесь и происходит. Основа же — «колоника» — вызывает вопросы. В современном языке такого слова нет, но в диалектах XIX века «колоника» означала переселенца или человека, живущего на отшибе, в отдельном поселении. Слово происходит от «колония» в значении «поселение выходцев из другого края» или от глагола «колонизировать». В центральных и южных губерниях России так могли прозвать крестьянина, перебравшегося в новый район и основавшего свой двор.

Есть и вторая, менее вероятная, версия: искажение от «колонок» (лесной хорёк с ценным мехом). Тогда Колоника — охотник или зверолов. Но эта гипотеза слабая: суффикс -ин в фамилиях от названий зверей обычно образует формы вроде «Колонков», а не «Колоникин». К тому же ударение в фамилии падает на третий слог (КолонИкин), что ближе к слову «колония», а не к «колонок».

Таким образом, с большой вероятностью предок носителя фамилии Колоникин был пришлым человеком, переселенцем, которого в новой местности выделяли по этому признаку. Фамилия редкая, встречается разрозненно, без ярко выраженного гнезда, что подтверждает её прозвищное, а не географическое происхождение. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова она не упоминается — это признак локального бытования в среде крестьян или однодворцев.