Фамилия Компанеева — женская форма, исходная мужская — Компанеев. В её основе лежит слово «компания», но не в современном значении «группа людей», а в более старом, профессиональном. В южнорусских и украинских говорах компанейцем называли казака так называемых компанейских (или охочекомонных) полков — наёмных конных отрядов, которые в XVII–XVIII веках несли пограничную службу и участвовали в походах. Такие полки формировались из добровольцев («охотников»), получали жалованье и не приписывались к определённой территории, в отличие от реестровых казаков.

Таким образом, Компанеев — это тот, кто служил в компанейском полку, либо, реже, человек, которого прозвали за общительность или склонность к шумным сборищам. Второе значение менее вероятно, потому что в исторических документах фамилии на -еев с корнем «компани-» встречаются именно в среде казачества и однодворцев (потомков служилых людей) на юге России, особенно в бывшей Слобожанщине и на Дону.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе «компане(й)» добавился суффикс принадлежности -ев, указывающий на происхождение от отца или родоначальника с таким прозвищем. Ударение, скорее всего, падает на третий слог — Компанéева, хотя в бытовой речи встречаются варианты. Фамилия не относится к числу массовых, но и не исчезла: её носители встречаются в Воронежской, Ростовской областях и в Краснодарском крае — то есть там, где когда-то квартировали компанейские полки.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Компанеец, Компаниенко) показывает, что Компанеева — более русифицированный вариант, с окончанием -ев вместо украинского -ец или -енко. Это указывает либо на обрусение казачьей фамилии после переселения в центральные губернии, либо на принадлежность предков к той части служилых людей, которые уже в XVIII веке перешли на русскую модель именования.