Фамилия Компаненко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, изначально означал «сын» или «потомок» (как русское -ович/-евич). Таким образом, Компаненко — это буквально «сын Компани». В основе фамилии лежит прозвище Компаня, которое, в свою очередь, восходит к слову «компания». Владимир Даль в своём словаре фиксирует «компанию» в значении «общество, братство, артель, содружество», а также «торговый дом, товарищество».

Скорее всего, прозвище Компаня давали человеку, который был членом какого-либо сообщества — торговой артели, ремесленного цеха или даже военного отряда. В XVII–XVIII веках на Украине, особенно на Запорожье, слово «компания» имело и специфическое значение: так называли наёмные конные полки, сформированные из казаков и иностранцев. Компанейцы (или компаньонцы) несли пограничную службу. Поэтому не исключено, что прозвище Компаня мог получить служилый человек из такого полка, что роднит эту фамилию с другими «военными» прозвищами, вроде Сердюк или Жолдак.

Интересно, что фамилия Компаненко практически не встречается в центральных и северных областях России, где преобладают фамилии на -ов/-ев. Её основной ареал — Украина, а в России она чаще всего фиксируется в южных регионах и в Краснодарском крае, куда активно переселялись украинские крестьяне и казаки в XIX — начале XX века. Этот географический след подтверждает, что фамилия сохранила связь с южнорусской и украинской традицией именования.