Фамилия Кондакчан — редкая и географически привязанная. Её носители почти поголовно — армяне по происхождению, и это ключ к разгадке. Основа фамилии — «Кондак» — восходит к армянскому слову «кондак» (или «кандак»), которое в древнеармянском языке означало «сосуд», «кувшин», а позже закрепилось в церковной терминологии как «краткое песнопение» (кондак). Впрочем, для фамилии более вероятно бытовое значение: прозвище могли дать гончару, торговцу посудой или, реже, человеку, обладавшему звучным голосом, сравнимым с церковным пением.

Суффикс «-чан» — типичный армянский патронимический формант, означающий «принадлежащий к роду» или «потомок». По той же модели образованы фамилии Авакян, Петросян, но с той разницей, что здесь основа не личное имя, а прозвище или название ремесла. Таким образом, Кондакчан буквально — «потомок Кондака», то есть человека, которого прозвали за связь с сосудами или с церковным пением.

В русском контексте фамилия могла попасть через миграцию армян в XIX–XX веках, особенно из Западной Армении (историческая область Киликия или окрестности Вана). В дореволюционных метриках и переписях она почти не встречается — это говорит о её локальном, семейном бытовании. Среди однокоренных фамилий — Кондаков (русская адаптация той же основы), Кондакян (с другим суффиксом), но Кондакчан стоит особняком именно благодаря редкому сочетанию «-кчан» на конце.

Есть и альтернативная, менее убедительная версия: связь с тюркским словом «кондак» — «чехол», «футляр» (например, для сабли). Но армянская модель образования и суффикс «-чан» делают её маловероятной — тюркские фамилии с этим корнем обычно оканчиваются на «-ов» или «-оглы». Так что, скорее всего, предки носителя фамилии Кондакчан были ремесленниками, работавшими с глиной, или людьми, чей голос запомнился окружающим.