Фамилия Кондалинцев — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа на деле ставит перед исследователем несколько загадок. Начнём с конца: суффикс -ев (вместо более частого -ов) указывает, что в основе лежало слово или имя, оканчивающееся на мягкий согласный или на -й. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Кондалинцев — сын Кондалинца, то есть человека, которого звали или прозывали Кондалин.

Самая очевидная версия выводит прозвище Кондала из диалектного глагола «кондать» — бить, колотить. В северных и сибирских говорах «кондалой» могли называть драчуна, задиру или, наоборот, человека, который «бьёт» масло, то есть работящего, сбивающего пахту. Здесь же стоит вспомнить слово «кондак» — короткая церковная песнь; прозвище могли дать певчему или человеку, монотонно повторяющему одно и то же. Однако более правдоподобной выглядит связь с гидронимом Конда — река в Ханты-Мансийском округе. Житель берегов Конды — кондал, а его сын — Кондалинцев. Подтверждением служит география фамилии: наибольшая концентрация Кондалинцевых фиксируется в Тюменской области и на Урале, то есть в зоне, где протекает Конда и куда в XVII–XVIII веках ссылали и переселяли крестьян.

Третья, менее очевидная версия, — от канонического имени Кондратий. В просторечии Кондратий превращался в Кондрата, а от него могли образовать уменьшительную форму Кондаля. Тогда Кондалинцев — потомок Кондали, то есть маленького Кондратия. Эта гипотеза слабее: суффикс -инцев в таком случае выглядел бы естественнее (Кондратинцев), а форма Кондаль скорее указывает на прозвище, чем на имя.

В любом случае, фамилия редкая, недворянская, с яркой региональной привязкой. Её носители — скорее всего, потомки крестьян или служилых людей из Зауралья, чьё прозвище закрепилось в документах XVIII–XIX веков.