Фамилия Кондараков — редкий случай, когда прозвище или профессия предка почти наверняка связаны не с русским, а с тюркским или греческим словом. Основа «кондарак» (или «кондара») в русских говорах не встречается, зато хорошо известна на юге, в казачьих областях и в Крыму.

Самая вероятная версия — происхождение от греческого «кондараки» (κονταράκι), что означает «копьё», «пика» или «дротик». В византийской и поствизантийской традиции так называли лёгкое копьё, а в переносном смысле — воина-копейщика. Предок-Кондараков мог быть либо греком, перебравшимся в Россию (например, из Крыма или Приазовья), либо русским, получившим прозвище Кондарак за военную выправку, рост или за то, что хорошо владел пикой. Среди донских и кубанских казаков греческие заимствования не редкость.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — тюркская. В тюркских языках есть слово «кондыр» (толстый, грубый) или «кондак» (короткий, приземистый). Прозвище Кондарак могли дать человеку невысокого роста, плотного телосложения. Однако греческая версия выглядит убедительнее, потому что суффикс «-ак» в русской ономастике часто указывает на лицо по действию или предмету, а не на качество.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: прозвище Кондарак плюс русский суффикс принадлежности «-ов». Изначально это ответ на вопрос «чей сын?» — сын Кондарака. Форма с суффиксом «-ов» указывает, что фамилия сложилась в великорусской среде, а не на Украине (где было бы Кондараченко) или в Польше (Кондаракевич).

Географически фамилия тяготеет к югу России: Ростовская область, Краснодарский край, Ставрополье. В центральных и северных областях она встречается редко. Это косвенно подтверждает связь с греческими поселениями Причерноморья или с казачьей средой, где греческие заимствования были обычны.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, недворянская. Фамилия не встречается в родословных книгах российского дворянства, а её основа — прозвище, а не каноническое имя. Носители Кондараковы — это, вероятно, казаки, мещане или государственные крестьяне южных губерний.