Фамилия Кондовников — наглядный пример того, как в русской фамилии может смешаться два разных по смыслу корня, и задача этимолога — разобрать, какой из них сработал в каждом конкретном случае. Слово «кондовый» в русском языке имеет два основных значения: «прочный, добротный, крепкий» (кондовая сосна, кондовый мужик) и «старинный, исконный, патриархальный» (кондовый быт). Второе значение часто окрашено иронией или укоризной — «отсталый, закоснелый». От какого из них пошло прозвище Кондовый — вопрос контекста. Скорее всего, от первого: так могли прозвать крепкого, основательного хозяина, мастера, на которого можно положиться.

Модель фамилии простая и типичная для центральной России: прозвище Кондовый → суффикс принадлежности -ник- (человек, связанный с тем, что названо основой) → типичный патронимический суффикс -ов. То есть Кондовников — сын Кондовника, а Кондовник — человек, который носил прозвище Кондовый. Суффикс -ник здесь не ремесленный (как в Плотников или Печников), а скорее оценочный, характеризующий человека по его качеству.

В ономастической литературе фамилия не относится к числу частых или хорошо изученных. Она не упоминается в основных словарях русских фамилий (Унбегаун, Никонов, Веселовский), что говорит о её локальном бытовании. Вероятнее всего, она возникла в северных или центральных губерниях России, где слово «кондовый» было особенно распространено в лесном деле и быту. Встречаются также варианты Кондов и Кондовин, но Кондовников — более развёрнутая форма, закрепившаяся как полная фамилия.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от слова «конда» — особый сорт смолистой сосны, растущей на севере. В этом случае Кондовников мог быть прозвищем лесоруба, смолокура или торговца кондовым лесом. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -ник в таком значении дал бы фамилию Кондовников — «сын того, кто связан с кондой», но в реальности прозвище Кондовый встречается чаще, чем Конда, и именно от него логичнее строить фамильную цепочку.

Географически фамилия сегодня встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что типично для фамилий, возникших не от имени, а от прозвища, не привязанного к конкретной местности. В архивных записях XVIII–XIX веков её почти нет, что может говорить о позднем закреплении — возможно, в среде крестьян или мещан, получивших фамилии после реформы 1861 года.