Фамилия Кондрагина — женская форма мужской фамилии Кондрагин, и её происхождение напрямую связано с разговорным вариантом крестильного имени Кондрат (церковная форма — Кондратий). В русской ономастике это имя было одним из самых распространённых в простонародье: от него образовались десятки фамилий — Кондратов, Кондратьев, Кондрашин, Кондрашов, Кондратенко. Кондрагин стоит в этом ряду особняком из-за редкого суффикса -аг-.

Дело в том, что основа «Кондраг» — не случайное искажение, а результат действия народной словообразовательной модели. В русских говорах суффикс -аг- (-яг-) придавал имени или прозвищу оттенок фамильярности, иногда грубоватости: вспомните «Ваняга» от Иван, «Петряга» от Пётр или «Серёга» от Сергей. Так и «Кондрага» — это неофициальная, обиходная форма имени Кондрат, которую могли использовать в семье или в деревенском общении. Соответственно, фамилия Кондрагин буквально означает «сын Кондраги», то есть потомок человека, которого в быту звали Кондрагой.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской, а также к Поволжью. В этих регионах имя Кондрат было популярно среди крестьян и мещан, и именно там модель на -аг- дала наибольшее количество фамилий-однодневок, которые позже закрепились в документах. Интересно, что в некоторых говорах форма «Кондрага» могла быть не только уменьшительной, но и прозвищной — так могли называть человека упрямого или коренастого, по ассоциации с кондрашкой (простонародное название апоплексического удара, но это уже позднее и маловероятное сближение).

В отличие от массовых Кондратьевых, носители фамилии Кондрагин встречаются реже, что делает её более локальной и привязанной к конкретным родословным гнёздам. Если проследить историю рода, скорее всего, предки были государственными или помещичьими крестьянами — в дворянских родословных эта фамилия не фиксируется. В современных справочниках по русским фамилиям (например, в работах Б. Унбегауна) форма на -ин от имени на -а/-я описывается как стандартная для восточнославянской антропонимии, но конкретно «Кондрагин» — редкий пример, сохранивший живую разговорную основу XIX века.