Фамилия Кондратенков образована от мужского крестильного имени Кондратий. В переводе с латинского оно означает «четырехугольный» или «широкоплечий». В основу фамилии легла производная форма этого имени — Кондрат. Суффикс -енков указывает на происхождение из регионов, где была распространена модель образования фамилий на -енко, — это современные Украина, Брянская, Курская, Белгородская и Воронежская области. В русском языке суффикс -ов присоединили к уже существовавшей малороссийской фамилии Кондратенко, добавив дополнительную притяжательность. Так потомок человека по имени Кондрат, которого в документах могли записать как Кондратенко, при переселении или смене сословия получил фамилию Кондратенков. Аналогичным образом возникли фамилии Павленков, Гавриленков, Ермоленков — все они несут след южнорусской или украинской основы, адаптированной великорусским суффиксом.