Фамилия Кондратено — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, самой распространённой в этой ономастике. Суффикс -енко в XVII–XVIII веках был показателем «малый», «сын» или «ученик», то есть исходно фамилия означала «сын Кондрата» или «потомок Кондрата». В русском языке аналогом такого суффикса выступает -ович/-евич (Кондратович), но в украинской традиции форма на -енко стала фамилией, а не отчеством.

Основа фамилии — каноническое имя Кондратий (лат. Condratus, от греческого «квадратный» или «широкоплечий»). В народной речи имя часто сокращали до Кондрат, откуда и пошло прозвище или полуимя. Важная деталь: фамилия Кондратено — не просто «украинская», а с характерным восточноукраинским или южнорусским оттенком. В центральных и западных областях Украины чаще встречаются формы Кондратенко (с полным суффиксом) или Кондратюк. Усечение до Кондратено — признак говоров, где -енко переходило в -ено под влиянием белорусского или южнорусского аканья. Такое написание фиксируется в документах XVIII–XIX веков на Слобожанщине (Харьковская, Сумская области) и в приграничных уездах Воронежской губернии.

Фамилия недворянская: носители Кондратено — преимущественно крестьяне или казаки. В реестрах Запорожского войска встречаются казаки с основой Кондрат, но фамилия с -ено оформилась уже после ликвидации Сечи, в период массовой фиксации фамилий при Екатерине II. Спорных версий происхождения нет: имя Кондратий общеизвестно, а суффикс -ено не оставляет сомнений в патронимической модели. Единственное, что может сбить с толку — редкое окончание -о, но это не опечатка, а живой диалектный вариант, который сохранился в нескольких сёлах до сих пор.