Фамилия Кондратеня относится к распространенному типу украино-белорусских фамилий и образована от крестильного имени Кондратий. Мужское крестильное имя Кондратий в переводе с латинского означает «четырехугольный» или «широкоплечий». В основу фамилии легла производная форма этого имени — Кондрат.