Фамилия Кондратей образована от имени, а точнее — от его народной, разговорной формы. Крестильное имя Кондратий пришло из латыни (Quadratus) и означает «четырехугольный», то есть «широкоплечий», коренастый. В русском быту это имя быстро обросло обиходными вариантами: Кондрат, Кондраша, а также Кондратей. Именно от этой, более редкой формы и пошла фамилия.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: суффикс -ей указывает на принадлежность к имени. В отличие от типичных патронимических суффиксов -ов, -ев или -ин, которые образуют фамилии по схеме «чей сын?» (Кондратов — сын Кондрата), суффикс -ей чаще встречается в украинской и белорусской ономастике. Он фиксирует имя отца в неизменной основе: Кондратей — это буквально «(человек) из рода Кондратея». Такая модель говорит о том, что предки носителя фамилии, скорее всего, жили на юго-западе России или в Беларуси, где подобные формы были особенно распространены.

Само имя Кондратий в народе нередко связывали с устойчивым выражением «кондратий хватил» — так в просторечии называли внезапный удар или паралич. Эта ассоциация возникла из-за благозвучия, а не из-за реального значения имени, но она прочно закрепилась в фольклоре. Впрочем, к фамилии Кондратей эта бытовая примета прямого отношения не имеет: она лишь показывает, насколько органично имя вплелось в повседневную речь.

Географически фамилия редкая. Встречается она преимущественно на юге России и в восточных областях Украины. В старых переписных книгах и метриках эта форма почти не фиксируется — её вытесняли более распространённые Кондратов и Кондратьев. Поэтому носители фамилии Кондратей — это потомки тех, кто сохранил именно местный, не стандартизированный вариант имени отца.

Если анализировать социальный контекст, то имя Кондратий было популярно в крестьянской и казачьей среде, особенно в XVII–XIX веках. Фамилии на -ей в этой среде возникали спонтанно, без участия приказных писарей: их записывали со слуха, как слышали в говоре. Так что предки человека с фамилией Кондратей, скорее всего, были простыми людьми — землепашцами, ремесленниками или казаками, а сама фамилия закрепилась случайно, из-за особенностей местного произношения.