Фамилия Кондратишина образована от мужского крестильного имени Кондратий, которое восходит к латинскому слову со значением «четырехугольный» или «широкоплечий». В основу фамилии легла не сама полная форма имени, а его производная, обиходная форма — Кондратиша. Такая модель словообразования характерна для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть буквально Кондратишина означает «жена или дочь Кондратиши», а в более широком смысле — потомок человека, которого в быту звали Кондратишей.

Интересно, что фамилия относится к разряду «матронимических» лишь формально: окончание -а в современном написании выдает женскую форму, но исторически фамилия закрепилась за родом через отца или мужа. В русской ономастике фамилии на -ин, как правило, образовывались от имен и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я, что и произошло с прозвищной формой Кондратиша.

Само имя Кондратий в старину было довольно распространено среди простых крестьян и посадских людей, особенно в центральных и южных губерниях России. Поэтому носители фамилии Кондратишина, скорее всего, происходили из крестьянской или мещанской среды. Фамилия не относится к дворянским или княжеским, а ее редкий суффикс -ишин встречается реже, чем стандартные -ов или -ев, что делает ее интересным примером регионального или семейного словообразования. Других версий происхождения, например от прозвища по роду занятий или географического названия, не существует — основа здесь однозначно именная.