Фамилия Кондратишко напрямую связана с именем Кондратий, которое восходит к латинскому слову «quadratus» — «четырехугольный», «широкоплечий». В основе фамилии лежит народная форма этого имени — Кондрат, что было обычным для русской и украинской традиции. Особенность фамилии — в суффиксе -ишко, который указывает на происхождение по отцу: буквально Кондратишко означало «сын Кондратия». Такая модель образования типична для украинских и белорусских фамилий, где суффикс -ишко (как и -енко, -ович) выполнял роль отчества. Со временем он потерял прямое значение родства и закрепился как фамильный, передаваясь уже по наследству.

Фамилия Кондратишко — сравнительно редкая. Её география тяготеет к западнорусским землям, особенно к современной Беларуси и Украине, где подобные суффиксальные формы были распространены. В отличие от фамилий на -ов/-ев, типичных для великорусских регионов, Кондратишко сохраняет архаичную словообразовательную модель, которая встречается у таких фамилий, как Гаврилишко, Микитишко, Данилишко. В старину носитель такой фамилии мог быть потомком человека по имени Кондрат, причём прозвище «Кондратишко» первоначально могло относиться к молодому человеку или сыну, а позже закрепилось за целым родом. Документальных свидетельств о дворянском или крестьянском происхождении этой фамилии немного, но по типу образования она относится к «патронимическим» — то есть указывающим на имя отца, что было характерно для всех сословий, от казаков до мещан.