Фамилия Кондратишин — один из тех случаев, когда за привычным окончанием скрывается нестандартная словообразовательная модель. В отличие от частых фамилий на -ов/-ев или -ин, образованных напрямую от полного имени (Кондратов, Кондратьев), здесь мы видим суффикс -ин, присоединённый к основе, которая уже содержит уменьшительный суффикс -ш-.

Разбираем цепочку. Исходное имя — крестильное Кондратий (латинское Quadratus — «четырехугольный», в переносном смысле «широкоплечий», «ладный»). На славянской почве оно упростилось до Кондрат. От него образовали обиходную, ласкательную форму — Кондратиша. Именно это домашнее прозвище, а не полное имя, и стало основой. Фамилия Кондратишин буквально значит «чей?» — сын или потомок Кондратиши. Такой способ (личное имя + -ин) типичен для восточнославянских фамилий, но сращение с уменьшительным суффиксом -иш- встречается реже, чем с -к- (Кондраткин) или -уш- (Кондратушкин).

Фамилия закрепилась в форме множественного числа — Кондратишины. В русской традиции так записывали целые семьи или родовые гнёзда: «двор Кондратишиных». Это указывает, что предки, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — в дворянской среде такие «семейные» формы в документах почти не встречались. Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам бывшей Российской империи: она фиксируется в Подольской, Волынской губерниях, а также на Кубани и в Ставрополье, куда переселенцы принесли её в XIX веке.