Фамилия Кондратышина — женская форма фамилии Кондратышин, и её происхождение напрямую связано с крестильным именем Кондратий (от латинского Quadratius — «квадратный», «четверной»). В русской традиции имя Кондрат (сокращённая форма Кондратий) было распространено среди крестьян и мещан, особенно в южнорусских и украинских землях.

Разберём словообразовательную модель. Суффикс -ын (в женском варианте -ына) указывает на принадлежность: «чей?» — Кондратышин, то есть «сын (или потомок) Кондратыша». Форма Кондратыш — это уменьшительно-ласкательный или прозвищный вариант имени Кондрат, характерный для говоров, где окончание -ий заменялось на -ыш, -иш. Такая модель встречается в фамилиях типа Гаврилышев, Данилычев, Прохорычев. Таким образом, основа фамилии — отчество второго порядка: внук Кондрата.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где было распространено имя Кондратий в бытовой форме Кондрат — это юг России, Поволжье, а также восточная Украина. Встречаются варианты написания Кондратышен, Кондратишин, но форма с «ы» (Кондратышин) указывает на твёрдое произношение в основе, что типично для севернорусских и среднерусских говоров, где «ы» вместо «и» после твёрдых согласных.

Споров о происхождении здесь почти нет: фамилия прозрачна. Редкая альтернативная версия — что Кондратыш могло быть прозвищем, образованным от глагола «кондратить» (в некоторых говорах — «упрямиться», «капризничать»), но она слабая, так как нет устойчивой лексической параллели. Правдоподобнее всего — патроним от имени.

Носители фамилии, судя по архивным данным XIX века, были в основном государственными крестьянами и однодворцами. Сословная принадлежность — податное сословие, без дворянских корней. Фамилия не получила широкой известности в элитарных кругах, но сохранилась в сельской среде, что делает её типичным примером «простой» русской фамилии, образованной от имени через суффикс принадлежности.