Фамилия Кондрацов образована от имени Кондрат — народной формы крестильного имени Кондратий (от латинского conditus — «пряный», «устроенный»). В русских говорах имя Кондрат было распространено шире, чем полная церковная форма, поэтому и фамилий на его основе много: Кондратов, Кондратьев, Кондратенко, Кондратюк и, конечно, Кондрацов.

Особенность фамилии — в суффиксе -ц- перед окончанием -ов. В русском языке этот элемент обычно указывает на уменьшительную или обиходную форму имени: Кондрат → Кондратец («маленький Кондрат» или «сын Кондрата»). Отсюда и фамилия: сначала было прозвище или неофициальное семейное имя Кондратец, а затем от него образовали отчество-фамилию Кондрацов — «чей?» — сын Кондратца. Такая модель встречается реже, чем прямой патроним на -ов, и говорит о более конкретном, бытовом происхождении: предка звали не просто Кондрат, а именно Кондратец, возможно, младшего роста или в шутку.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям — Курской, Воронежской, Тамбовской, а также к землям бывшего Войска Донского. В северных и сибирских регионах она встречается реже, уступая более стандартному Кондратову.

Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и мещане, и казаки. В документах XVII–XVIII веков встречаются, например, однодворцы и служилые люди с такой фамилией, что говорит о её давнем бытовании в среде вольных землепашцев и пограничных жителей.

Интересно, что фамилию иногда путают с Кондрацовым (через «с» и «ц»), но это разные образования. Вариант с «ц» — более дробный и редкий; он не связан с профессией или местом, а целиком держится на личном имени. То есть Кондрацов — это буквально «потомок того, кого в семье называли Кондратец».