Фамилия Кондроева — редкий случай, когда разбор начинается не с корня, а с ударения. Если ударение падает на второй слог — Кондрóева, то перед нами классическая «матронимическая» фамилия, образованная от женского имени Кондра (разговорная форма имени Кондратия). В русской традиции так называли дочь или жену Кондрата, а суффикс -ев указывал на принадлежность: «чей?» — Кондроев, то есть человек из семьи Кондры. Если же ударение на последний слог — Кондроевá, фамилия могла возникнуть от прозвища Кондрой — так в южнорусских говорах могли назвать человека со смуглой кожей или тёмными волосами (от диалектного «кондрой» — черный, темный). Второй вариант встречается реже, но именно он делает фамилию непохожей на соседние.

Основа фамилии — Кондр- — связана с именем Кондратий, которое пришло из греческого (Κοδράτος) и означало «четырёхугольный», «квадратный». В народе имя переосмыслили: на Руси Кондратами называли крепких, коренастых людей. Так что предки Кондроевых могли быть либо потомками женщины по имени Кондра (редкое имя, но фиксируется в переписных книгах XVII века), либо выходцами из семей, где отца звали Кондратий. Суффикс -ев указывает на типичную модель для фамилий на -ий: Кондратий — Кондратьев, но в народной речи имя сокращали до Кондра, отсюда и Кондроев.

География фамилии узкая. Кондроевы встречаются в основном в Рязанской и Тамбовской областях — регионах, где имя Кондратий было особенно популярно среди крестьян. В XIX веке фамилия не попала в дворянские родословные книги, что косвенно указывает на её происхождение из крестьянской или мещанской среды. В отличие от распространённой фамилии Кондратьев, вариант Кондроев сохранил след устной народной традиции: люди звали друг друга не по полному имени, а по бытовому сокращению.

Словообразовательная модель нестандартна. Обычно от женских имён на -а образуют фамилии с суффиксом -ин (Марфа — Марфин, Агафья — Агафьин). Но Кондроев пошёл по пути -ев, как если бы исходное имя было мужского рода (ср. Федя — Федяев). Это либо ошибка писаря при записи, либо указание на то, что прозвище Кондра воспринималось как мужское. В любом случае, фамилия закрепилась в этом виде и стала самостоятельной.