Фамилия Кондрутова, при всей своей внешней простоте, ставит перед исследователем неожиданную задачу: её основа неочевидна. Беглый взгляд подсказывает «Кондрат» или «Кондратий», но на деле здесь работает другой механизм.

Словообразовательная модель указывает на суффикс -ов-, а это значит, что в основе лежит мужское имя или прозвище Кондрут. Само имя Кондрут — это не усечение от Кондратий, а скорее народная, диалектная форма от канонического имени Кондратий. В русских говорах, особенно на юге и в центральных областях, звук «д» в сочетании с «р» мог переходить в более твёрдое «др», а окончание -ут (-ут) часто добавлялось к именам для придания им простонародного, «своего» звучания. Так, Кондратий превращался в Кондрута по той же логике, как Иван — в Иванюту, а Пётр — в Петруту.

Значит, исходное прозвище Кондрут — это уменьшительно-обиходная форма крестильного имени Кондратий. Само имя Кондратий имеет латинские корни (от лат. conditus — «устроенный», «основательный»), но в народном сознании оно прочно ассоциировалось с чем-то крепким, основательным, «кондовым». Отсюда и прозвище могло нести оттенок надёжности или, наоборот, упрямства.

Географически фамилия Кондрутова наиболее характерна для южнорусских регионов — Воронежской, Курской, Ростовской областей, а также для Кубани. Это объясняется тем, что именно в этих местах диалектные формы имён на -ут были особенно распространены. Предок носителя фамилии, скорее всего, был крестьянином или казаком, которого в быту звали не полным именем, а по-домашнему — Кондрут. Фамилия закрепилась как отчество: «чей сын?» — Кондрутов, то есть потомок Кондрута.

Примечательно, что фамилия Кондрутова не имеет однозначного аналога среди более частых «Кондратов» или «Кондратьевых». Это говорит о том, что она возникла в сравнительно узком кругу носителей определённого говора и не была «причесана» под литературную норму. В этом её ценность для локальной истории: она — живой след диалекта, застывший в фамилии.