Фамилия Кондякова — женская форма фамилии Кондяков, которую образовали от прозвища Кондяк. Скорее всего, в основе лежит украинское слово «кондак» — краткая церковная песнь. В некоторых говорах так называли хитроватого или злоречивого человека. Тогда прозвище могло указывать на характер первого носителя.

Менее правдоподобная версия ведёт прозвище к тюркскому qondaq — «овечья шерсть, в которую кладут новорождённого на несколько дней, прежде чем переложить в колыбель». Эта гипотеза слабее, потому что не объясняет, почему такое бытовое понятие стало личным прозвищем: обычно тюркские заимствования в русских фамилиях связаны с должностями, обычаями или конкретными предметами, а не с ритуалом, который вряд ли был заметен со стороны.

Суффикс -ов- в окончании фамилии указывает на типичную модель русских фамилий: «чей?» — «Кондяков» — «сын Кондяка». Так что фамилия Кондякова — это «дочь или жена Кондякова».

По географии фамилия встречается в центральных и южных областях России, особенно в регионах, граничащих с Украиной, что косвенно подтверждает украинское происхождение основы. В русских говорах слово «кондак» не зафиксировано как бытовое, зато оно есть в церковной лексике — это лишний раз говорит о том, что прозвище могли дать певчему или человеку с острым языком.