Фамилия Конидеев — одна из тех, что при первом взгляде кажется прозрачной, но при ближайшем рассмотрении ставит исследователя перед выбором. Самая очевидная версия связывает её с греческим именем Конон (от «конос» — конус, шишка, или же от «конао» — трудиться, спешить). В русской традиции это имя давали в честь святого мученика Конона Исаврийского, покровителя садоводов и огородников. От уменьшительной формы Конон → Коня → Конидей и возникла фамилия по модели «чей?» — Конидеев. Суффикс -еев указывает на патронимическое происхождение: сын Конидея.

Однако есть и другая, более редкая и локальная версия. В южнорусских и украинских говорах «конидей» могли прозвать человека, имевшего отношение к лошадям — коновала, барышника или просто заядлого конника. В этом случае фамилия образована не от имени, а от прозвища, которое закрепилось за родом занятий. Такой вариант менее распространён, но имеет право на существование, особенно если учесть, что фамилия Конидеев встречается не повсеместно, а с заметной концентрацией в Курской и Белгородской областях — зоне активного смешения великорусских и малорусских говоров.

Фамилия эта недворянская и не старобоярская. Вероятнее всего, её носили крестьяне или однодворцы — потомки служилых людей, охранявших южные рубежи Московского государства в XVI–XVII веках. Суффикс -еев, а не -ов, тоже косвенно говорит о том, что основа фамилии — не чисто русское слово, а заимствованное имя или прозвище, где мягкий согласный на конце потребовал именно такой огласовки. В любом случае, Конидеев — фамилия, которая прочно связана с югом России и с историей её заселения, а не, скажем, с северными или сибирскими территориями.