Фамилия Конинина — одна из тех, что напрямую связаны с бытом и занятиями предков. Её основа — слово «конина», то есть конское мясо. Скорее всего, первый носитель фамилии либо торговал кониной, либо разделывал туши, либо как-то иначе был связан с этим продуктом. Такие «мясные» прозвища встречались в русской среде: например, Баранов, Телятин, Свинин — все они указывали на род деятельности или обычай семьи. Фамилия образована с помощью типичного для русской ономастики суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Конинин, то есть сын или потомок Конины.

Существует и вторая версия, хотя она менее правдоподобна. Согласно ей, в основе фамилии лежит не прозвище, а имя Конина — производная форма от канонического имени Конон. Имя Конон пришло из греческого языка и означает «трудящийся, трудолюбивый». В старину оно было довольно распространённым, особенно в крестьянской и купеческой среде. Однако против этой версии говорит то, что фамилии на -ин от женских имён (Конина — женская форма) в русской традиции редки и обычно возникали, если женщина была главой семьи или вдовой. В случае с фамилией Конинин логичнее видеть в основе мужское прозвище.

По модели образования фамилия Конинин близка к таким, как Кожин (от «кожа», то есть кожевник), Сомин (от прозвища Сома) или Рыбин. Все они — типичные «профессиональные» фамилии, которые закреплялись за потомками ремесленников и торговцев. Так что представитель рода Конининых, скорее всего, происходил из среды людей, кормившихся от продажи или заготовки конины. Память об этом занятии фамилия сохранила до наших дней.