Фамилия Конин относится к числу древних русских фамилий, которые начали закрепляться в среде знати уже в XV–XVI веках, обозначая принадлежность человека к определённому роду. Однако её происхождение неоднозначно, и этимологу здесь есть из чего выбирать.

Самая распространённая версия — прозвищная. В основе фамилии лежит слово «конь». Прозвище Конь могли дать крепкому, работящему человеку, либо тому, кто ухаживал за лошадьми или торговал ими. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Конин — «сын Коня» или «потомок того, кого звали Конь». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от названий животных (сравните: Волков, Зайцев, Соколов).

Существует и менее очевидная версия, связывающая фамилию с каноническим именем Конон. В переводе с греческого это имя означает «трудящийся, трудолюбивый». В народной речи имя Конон могло сокращаться и видоизменяться до формы Коня или Коняй, а затем фамилия от этого уменьшительного варианта приобрела вид Конин. Эта гипотеза подкрепляется тем, что в старых документах встречаются обе формы — и от прозвища Конь, и от имени Конон, и различить их без родословной записи почти невозможно.

География фамилии тоже даёт пищу для размышлений. Конины — нередкая фамилия на Русском Севере и в центральных областях, где коневодство и крестьянский труд были основой жизни. В некоторых говорах слово «коня» означало не только лошадь, но и бревно-подпорку в избе, что добавляет ещё один возможный, хотя и более редкий, источник прозвища — для плотника или строителя.

Таким образом, фамилия Конин могла возникнуть и как «лошадиное» прозвище, и как производное от христианского имени. Первая версия выглядит более живой и естественной для деревенского быта, но и вторая имеет право на существование. В любом случае, носитель фамилии может с равной вероятностью вести род от конюха, от крестьянина по прозвищу Конь или от человека, носившего имя Конон.