Фамилия Конинин — редкий пример, где прозвище могло указывать на конкретный род занятий. Её основа — слово «конина», то есть конское мясо. Логично предположить, что родоначальник Конининых промышлял забоем лошадей или торговлей кониной. В старину такое занятие было обычным делом, особенно в тех регионах, где лошадей разводили не только для верховой езды, но и на мясо (например, в южных и степных губерниях).

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Конинин буквально означает «сын Конины», то есть потомок человека по прозвищу Конина. Модель образования типична для русских фамилий, закрепившихся в XVI–XVII веках.

Вторая версия — от имени Конон (греч. «трудящийся»). Его уменьшительная форма Конина могла закрепиться за человеком, не связанным с мясной торговлей. Но эта гипотеза слабее: имя Конон давало бы фамилию Кононов (через полную форму) или Конин (если от сокращения), а не Конинин. Двойной суффикс -ин-ин — как раз признак того, что в основе лежит не имя, а прозвище на -ина.

Фамилия встречается редко. В дореволюционных метрических книгах Конинины отмечены в основном в Поволжье и Сибири — регионах, где конина была традиционной частью рациона. О точном месте и времени возникновения можно судить только по конкретным генеалогическим записям: процесс образования фамилий был долгим, и одна и та же фамилия могла появиться независимо в разных губерниях.